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vscode中打开typora

Sun, 05 May 2019 00:00:00 +0100

VSCode中编辑markdown没有typora来的舒服，但是VSCode中的文件又不能直接使用typora打开，必须先进入文件路径，比较麻烦。然后VSCode插件市场搜了一下，发现确实有这么一个插件： 只是没有用，似乎在开发阶段

使用Open in External App

而另外一个五星好评的插件Open in External App则可以在vscode中用typora打开md文件，不仅如此，还有设定其他应用打开相应的文件，比如chrome打开html。插件食用方法也比较简单，安装后，在settings.json中将以下内容添加进去，注意在windows要更改 “openCommand"命令对应的程序路径：

"openInExternalApp.openMapper": [
{
// represent file extension name
"extensionName": "html",
// the external applications to open the file which extension name is html
"apps": [
// openCommand can be shell command or the complete executable application path
// title will be shown in the drop list if there are several apps
{
"title": "chrome",
"openCommand": "/Applications/Google Chrome.app"
},
]
},
{
"extensionName": "md",
"apps": [
{
"title": "typora",
"openCommand":"/Applications/Typora.app"
}
]
},
]

添加好之后，双击md文件即可看到Open in External App选项，点击即可跳转到typora。

vscode的配置文件setting.json的UI界面或者json形式

快速打开使用快捷键 Ctrl+Shift+P ，然后搜索setting

首选项：打开设置（json）这个打开的是settings.json文件

首选项：打开默认设置（json）,这个打开的是defaultSettings.json文件首选项：打开工作区设置，这个打开的是

设置界面是UI形式还是json形式，可以通过这个图标来进行切换

Meta分析的类型

Sun, 05 May 2019 00:00:00 +0100

证据是循证医学( Evidence-based Medcine，EBM) 的核心，基于随机对照试验( RCT) 的系统评价/Meta 分析是当前公认的最高级别证据。meta分析是指对以往的研究结果进行系统定量综合的统计学方法。近些年来，随着meta分析方法学的发展，其类型也多种多样，本文将对meta分析的类型作简单介绍。

1.单组率的meta分析

定义：只提供一组人群的总人数和时间发生人数，多为患病率，检出率，知晓率，病死率，感染率。一般基于的研究为横断面研究。

缺点：异质性很难控制

方法：①加权计算: 即根据每个独立研究的样本量大小，给予不同的权重，对各独立样本的效应量率进行合并; ②直接等权相加: 即把各独立的结果事件直接等权相加，然后直接计算合并率，再用近似正态法计算其可信区间 ; ③调整后再等权相加: 即对各个独立研究资料的率进行调整后再行等权相加，计算出合并率的大小。

例如：Jones L, Bellis M A, Wood S, et al. Prevalence and risk of violence against children with disabilities: a systematic review and meta-analysis of observational studies[J]. The Lancet, 2012, 380(9845): 899-907.

2.单纯P值的meta分析

定义：即将多个研究的P值进行合并

缺点：不同研究未能根据研究特点进行加权;无法获知事件的发生信息，故无法得出有任何临床意义的信息;无法分析两个结论相反的研究;无法进一步评价研究之间的差异。一般不推荐。

方法：当纳入研究仅给出了P 值，且按照Cochrane 系统评价员手册给出计算方法也不能计算出需要的数据，且临床实践需要合并，那么，在这种情况下可以考虑单纯对P 值进行合并。

3.meta回归分析

定义：主要通过对多因素的效应量进行联合分析，主要评价研究间异质性的大小及来源，是亚组分析的一种扩大。

缺点：纳入的研究数量在 10 个以上时才行此分析

方法：将效应估计量( 如RR、OR、MD 或logRR等) 作为结果变量，将可影响效应量大小的研究特征因素( “协变量”或“潜在效应量改变因子”) 作为解释变量，则回归系数描述了结果变量怎样随着解释变量的单位增加而改变; 其统计学差异性通过对结果变量和解释变量之间有无线性关系来确定，通过回归系数的P 值来判断这种差异有无统计学意义

例如：Ettehad D, Emdin C A, Kiran A, et al. Blood pressure lowering for prevention of cardiovascular disease and death: a systematic review and meta-analysis[J]. The Lancet, 2016, 387(10022): 957-967.

4.累积meta分析

定义：将研究资料作为一个连续的统一体，按研究开展的时间顺序及时将新出现研究纳入原有meta分析。

优点：反映研究结果的动态变化趋势及各研究对结果的影响，也有助于尽早发现有统计学意义的干预措施。

方法：每次研究加入后均重复一次meta分析。

**例如：**Jüni P, Nartey L, Reichenbach S, et al. Risk of cardiovascular events and rofecoxib: cumulative meta-analysis[J]. The Lancet, 2004, 364(9450): 2021-2029.

5.网状meta分析

定义：在临床实践中，若有一系列的药物可以治疗某种疾病，但 RCT 均是药物与安慰剂的对照，而药物互相之间的 RCT 都没有进行或很少，那么在这种情况下，就需要将间接比较和直接比较的证据进行合并。

方法：首要的是构造一个等级模型，以处理抽样变异、治疗异质性及研究治疗比较间的不一致性，并提供模型的最大似然比。目前，主要的方法有经典的频率学法和贝叶斯法。

**例如：**Palmer S C, Mavridis D, Nicolucci A, et al. Comparison of clinical outcomes and adverse events associated with glucose-lowering drugs in patients with type 2 diabetes: a meta-analysis[J]. JAMA, 2016, 316(3): 313-324.

6.诊断性meta分析

定义：因地区、个体、诊断方法及条件的差异，使得发表的关于同一诊断方法的研究结果存在着不同甚至是矛盾的;且随着新技术的不断走向临床，选择也愈来愈多。该类型主要是为评价某种诊断措施对目标疾病的准确率，多为对目标疾病的敏感性、特异性进行评价，报道似然比、诊断比值比等。

例如： Cousin F, Ortega-Deballon P, Bourredjem A, et al. Diagnostic Accuracy of Procalcitonin and C-reactive Protein for the Early Diagnosis of Intra-abdominal Infection After Elective Colorectal Surgery: A Meta-analysis[J]. Annals of surgery, 2016.

7.个体数据meta分析

定义：该研究类型不是直接利用已经发表的研究结果总结数据进行 Meta 分析，而是通过从原始研究作者那里获取每个参与者的原始数据，并对这些数据进行 Meta分析。

8.前瞻性meta分析

定义：是指在 RCT 的结果尚未出来之前，先进行系统检索、评价和制定纳入及排除标准的一种 Meta 分析。因 PMA 是在研究开始之前或者进行中就制定好了计划，可以避免各研究间出现较大的差异，同时具有个体数据 Meta 分析的优点。

优点：是针对需要行多中心、大样本研究但现实又不能实现的情况下的最有效方式。

缺点：但成本非常高、操作困难且需要耗费大量的时间。

9.常规meta分析

定义：常规 Meta 分析主要基于有对照组的直接比较的研究，最常见的是基于 RCT的干预性 Meta 分析。

例如：Wu J H Y, Foote C, Blomster J, et al. Effects of sodium-glucose cotransporter-2 inhibitors on cardiovascular events, death, and major safety outcomes in adults with type 2 diabetes: a systematic review and meta-analysis[J]. The Lancet Diabetes & Endocrinology, 2016, 4(5): 411-419.

10.其他类型meta分析

随着方法学的研究进展及循证实践的实际需求，出现了许多上述未涉及到的 Meta 分析，主要有:不良反应的 Meta 分析，成本-效果/效用/效益的 Meta 分析，患者报告结局的 Meta 分析，全基因组关联研究的 Meta 分析，Meta分析的汇总分析。

参考文献：

曾宪涛, 冷卫东, 郭毅,等. Meta分析系列之一:Meta分析的类型[J]. 中国循证心血管医学杂志, 2012, 04(1):3-5.

Meta分析的软件

Sun, 05 May 2019 00:00:00 +0100

所谓“工欲善其事，必先利其器”，随着循证医学的发展，META分析已被公认为客观评价和合并针对某一特定问题研究证据的最佳手段,想要做好META分析，离不开合适的META分析工具。在琳琅满目的各种META分析软件中，该选择哪一款？究竟是免费的好还是收费的好？这是一个大问题！

目前常用的Meta分析软件大抵可分为两种，编程软件和非编程软件。其中好评如潮的Stata和R软件均属于编程软件，这类软件的优点在于其开放式的编程环境，这就意味着会有不少统计学家为它们量身打造各种优秀的可用于Meta分析的扩展包，作为终端用户只需要在网络上搜寻到这些扩展包，就可以直接坐享其福；当然，使用者也必须对软件的基本模块和命令有一定的了解。另一类非编程软件，如RevMan和Meta-Analyst都属于Meta分析专用软件，这类软件多来源于官方，易于操作、界面简洁友好，操作性更高，但其分析模式和功能相对更为固定。

1.RevMan：Cochrane协作网META分析软件

RevMan（ReviewManager）是国际Cochrane协作网提供给评价者准备和维护更新Cochrane系统评价而设计的软件，也可以说是专门为临床医生量身定做的Meta分析软件，它不仅可以协助我们完成Meta 分析的计算过程，还可以帮助我们了解Meta分析的架构并学习系统评价的方法，最后把完成的系统评价制作成易于通过电子转换的文件以标准统一的格式发送到CDSR，便于电子出版和日后更新。

RevMan是所有Meta分析软件中唯一可与GRADEprofile软件相互导入进行证据等级评级的软件，也是当前医学领域应用最广泛的Meta分析软件。RevMan软件中设置了干预措施系统评价、诊断试验精确性系统评价、方法学评价和系统评价汇总评价4类格式，可绘制森林图及漏斗图，但不能进行Meta回归分析、累积Meta分析、BeggS检验、EggerS检验及绘制拉贝图等。

RevMan是一款可以免费下载及使用的软件，能够输入中文，除以上功能外，最新版RevMan还具有风险偏倚评估工具表、证据结果总结表、计算器（可输入效应量、可信区间、标准误、Z值、P值进行效应值的转化）、PRISMA文献检索流程图、森林图小数位数的调整等。

2.Stata：功能强大的META分析软件

Stata是基于C语言的一款功能强大而又小巧玲珑的统计分析软件，最初由美国计算机资源中心研制，现为Stata公司的产品。

Stata的许多高级统计模块均是程序文件（ado文件），并允许用户自行修改、添加和发布ado文件，用户可以随时到Stata网站或者其它个人网站上搜索并下载所需的程序安装包并使用。

Meta分析通过Stata的meta.ado模块完成，包括metan、metareg、metabias等常用命令，可完成二分两变量、连续型变量、诊断试验、单纯P值、单组率、剂量反应关系、生存资料的Meta分析，也可以完成Meta回归分析、累积Meta分析、网状Meta分析等几乎所有的Meta分析方法，还可以进行BeggS检验、EggerS检验，可绘制Meta分析的相关图像，如森林图、漏斗图和拉贝图，也可排除单个研究行敏感性分析。

Stata是目前Meta分析人群中最受推崇的软件，国外高质量软件业更倾向于接受Stata Meta分析图形界面。

3.R：META分析全才

R软件是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开发的软件，由奥克兰大学的志愿者开发，目前由R核心开发小组维护。R软件具备完整的数据处理、计算和作图功能，相对于其他软件。

它的特色在于：

有效的数据存储和处理；

有用一整套数组和矩阵运算工具；

完整连贯的统计分析工具，大多数经典的统计方法和最新的技术都可以再R中直接得到；

优秀的统计绘图功能；

完善、间接和高效的编程语言。

R是自由软件，但是它的能力不会比任何同类型商业软件差，大多数人用R就是因为它的统计功能。它的部分统计功能整合在R语言底层，大多数功能也可以程序包的形式提供。目前常用的程序包有metafor、meta、rmeta等。扩展的程序包使大部分终端用户可以通过搜索扩展包，不仅可完成经典的Meta分析功能，一些新近出现的Meta分析方法如网络Meta分析等，也可以在R中完美实现，从某种意义上讲，R软件堪称Meta分析全才。

4.Meta-Analyst：免费的Meta分析专用软件

Meta-Analyst是一款基于微软网络框架（Microsoft. NET framework）的免费Meta分析专用软件，它是Tufts循证实践中心受美国卫生保健保健和质量管理局（AHRQ）委托编制，被AHRQ指定为循证实践中心专用Meta分析、提供证据报告的软件而广泛应用。

5.MIX：教学和实现Meta分析的自由软件

MIX是一款基于Excel 2000及以上版本的，采用VB语言编写的Meta分析软件，只能运行于Windows系统。MIX 1.7版以前均为免费，而更新的新版本则分为了缩减（Lite）版和专业（Pro）版，前者免费只能用于Meta分析的学习，用户不能创建数据进行Meta分析。收费的专业版则可以实现Meta分析，主要适用于治疗性研究、队列研究和病例对照研究等因果关系的研究。

6.Meta-DiSc：诊断性试验Meta分析工具

Meta-DiSc软件是一款基于VB语言，由西班牙卫生部门基金资助，专门用于诊断试验的Meta分析软件。Meta-DiSc软件可进行异质性检验及Meta回归分析，也可生成森林图、ROC平面及SROC曲线图。

除上述软件以外，常用的META分析软件还有CMA、MetaWin等。我们在选择时除了根据其编程环境的开放性进行选择外，更为重要的一点是，我们需要明确增加的分析需求，因为有的软件可以进行各种META分析，但有的仅仅针对某一种类型的META分析。

最后，附上一张各种Meta分析软件的比较图，各位收藏备用吧:)

Syllabus

Sun, 05 May 2019 00:00:00 +0100

Goals

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Meta分析的类型

1.单组率的meta分析

2.单纯P值的meta分析

3.meta回归分析

4.累积meta分析

5.网状meta分析

6.诊断性meta分析

7.个体数据meta分析

8.前瞻性meta分析

9.常规meta分析

10.其他类型meta分析

参考文献：

Meta分析的软件

1.RevMan：Cochrane协作网META分析软件

2.Stata：功能强大的META分析软件

3.R：META分析全才

4.Meta-Analyst：免费的Meta分析专用软件

5.MIX：教学和实现Meta分析的自由软件

6.Meta-DiSc：诊断性试验Meta分析工具

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